創(chuàng)建于19、20世紀(jì)之交的圣約翰大學(xué)醫(yī)學(xué)院、震旦大學(xué)醫(yī)學(xué)院和同德醫(yī)學(xué)院三座古老的醫(yī)學(xué)殿堂，于1952年合并成立了上海第二醫(yī)學(xué)院，1985年改名上海第二醫(yī)科大學(xué)。2005年7月，兩所有著百余年辦學(xué)歷史的大學(xué)??上海交通大學(xué)和上海第二醫(yī)科大學(xué)合并，成立了新上海交通大學(xué)和上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院。
醫(yī)學(xué)院堅持發(fā)揚“海納百川、博采眾長”的優(yōu)良傳統(tǒng)，大力弘揚“博極醫(yī)源、精勤不倦”的醫(yī)學(xué)院精神，逐漸形成了富有自身特點的辦學(xué)風(fēng)格和特色。兩校合并之后，醫(yī)學(xué)院人在“除人類之病痛、助健康之完美”的孜孜追求中，又融入了上海交大“飲水思源、愛國榮�！钡呢�(zé)任與夢想。
學(xué)院擁有一批國內(nèi)著名的醫(yī)學(xué)專家和學(xué)者，有中國科學(xué)院院士1人，中國工程院院士10人，國家“973”項目首席科學(xué)家8人等一批在國內(nèi)外有一定影響的學(xué)者。有博士后流動站4個，一級學(xué)科博士點5個，二級學(xué)科博士點32個，二級學(xué)科碩士點42個。本科以上學(xué)生六千余名，其中研究生近50％。
在黨的教育方針指導(dǎo)下，以“一流交大，一流醫(yī)學(xué)院”為目標(biāo)的交大醫(yī)學(xué)院，以塑造高素質(zhì)精英、培養(yǎng)創(chuàng)新能力為人才培養(yǎng)目標(biāo)，教學(xué)質(zhì)量有了很大的提高。目前設(shè)有臨床醫(yī)學(xué)八年制和口腔醫(yī)學(xué)七年制本博和本碩連讀的長學(xué)制專業(yè)，有臨床醫(yī)學(xué)、預(yù)防醫(yī)學(xué)、醫(yī)學(xué)檢驗、護理學(xué)、營養(yǎng)學(xué)等本科專業(yè)。其中，臨床醫(yī)學(xué)、口腔醫(yī)學(xué)、醫(yī)學(xué)檢驗、護理學(xué)專業(yè)為教育部特色專業(yè)。教育部學(xué)位與研究生教育發(fā)展中心公布的《學(xué)位學(xué)科評估高校排名結(jié)果》，我院臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)和口腔醫(yī)學(xué)專業(yè)分列排名第一、二位。
學(xué)院歷來重視基礎(chǔ)與臨床教學(xué)基地建設(shè)，在長期的醫(yī)學(xué)教育實踐中，形成了重視臨床實踐、全面提高素質(zhì)、嚴(yán)格質(zhì)量把關(guān)、力求改革創(chuàng)新的教學(xué)傳統(tǒng)和特色。目前擁有7所綜合性附屬醫(yī)院和5所�？菩愿綄籴t(yī)院和16個臨床教學(xué)中心，核定床位12000余張，是全國臨床教學(xué)資源最豐富的醫(yī)學(xué)院校，也是教育部本科教學(xué)工作水平評估“優(yōu)秀”學(xué)校。設(shè)有臨床醫(yī)學(xué)院的附屬瑞金醫(yī)院、仁濟醫(yī)院、新華醫(yī)院、上海市第九人民醫(yī)院、上海市第六人民醫(yī)院、上海市第一人民醫(yī)院均為衛(wèi)生部命名的三級甲等綜合性醫(yī)院。
學(xué)院學(xué)術(shù)氣氛濃厚，學(xué)科優(yōu)勢明顯，現(xiàn)有國家教育部重點學(xué)科14個，國家重點實驗室和工程中心3個，教育部重點實驗室和工程中心4個，衛(wèi)生部重點實驗室4個，世界衛(wèi)生組織（WHO）合作中心3個，及一批“211工程”重點建設(shè)學(xué)科。學(xué)院科研成果卓著，科研項目經(jīng)費數(shù)始終在國內(nèi)醫(yī)學(xué)院校中處于領(lǐng)先地位。科研項目、科研經(jīng)費及國家重大重點項目承擔(dān)數(shù)在全國醫(yī)學(xué)院校中處于領(lǐng)先地位。“十一五”期間，學(xué)院以第一完成單位共獲得市（部）級科技成果獎180項，其中國家自然科學(xué)二等獎1項，國家技術(shù)發(fā)明二等獎1項，國家科技進步二等獎14項，王振義院士榮獲2010年度國家最高科學(xué)技術(shù)獎。
目前，學(xué)院與美國、法國、日本、比利時、澳大利亞、瑞典、香港等19個國家或地區(qū)的61所大學(xué)及科研機構(gòu)開展了廣泛的合作和交流；聘請了250多位外國專家為名譽教授、顧問教授和客座教授；與世界衛(wèi)生組織、聯(lián)合國人口基金會、美國民間健康基金會等建立了廣泛的友好合作關(guān)系。
學(xué)院地處上海市中心繁華地區(qū)。原震旦大學(xué)的法式建筑鑲嵌在園林式的綠色叢中。為適應(yīng)醫(yī)學(xué)教學(xué)的發(fā)展，四百畝閔行的醫(yī)學(xué)院新校區(qū)正在規(guī)劃之中。
